Piano superiore della chiesa sud

L'area su cui sorse questo edificio fu frequentata molto prima della fondazione del monastero nel 703. I resti più antichi tra quelli trovati negli scavi forniscono una chiara prova della presenza nel luogo dei Sanniti. Nel V secolo fu costruita una basilica funeraria absidata contenente 23 sepolture tardoromane, alle quali furono aggiunte altre due tombe, quando, poco più tardi, la chiesa fu ampliata. In seguito alla fondazione del monastero, la chiesa venne ampliata e divenne la prima chiesa abbaziale della comunità monastica. Nel tardo VIII secolo fu realizzata una seconda abside, che corre intorno alla prima, creando così un deambulatorio, cioè, un corridoio per le processioni devozionali intorno all'altare, nel quale erano state deposte delle reliquie. Poco tempo dopo, la chiesa fu dotata di un altare dipinto, resti del quale furono trovati durante gli scavi, e il deambulatorio fu ricostruito. All'inizio del IX secolo, l'edificio subì una radicale trasformazione, in connessione alla fase di grande espansione del monastero in questo periodo. La sua estremità orientale fu chiusa da un muro, creando così una piccola cappella in cui venne impiantata una ricca tomba ad arcosolio. Nella navata, separata dalla cappella da un corridoio con direzione nord-sud, furono costruiti tre ambienti, uno dei quali fu usato come magazzino. Questi vennero collegati dal corridoio che corre lungo il lato sud, dalla Corte a giardino al Vestibolo. I tre ambienti sostenevano un primo piano nel quale erano situati una sala o diverse stanze sontuosamente decorate. Questo piano, interpretato come ambiente di accoglienza degli ospiti di riguardo del monastero, fu ulteriormente ampliato sotto l'abate Epifanio nel secondo quarto del IX secolo. Prima che l'area fosse colmata con terra e pietrame, la cappella fu abbandonata, l'altare abbattuto e le reliquie rimosse. Il primo piano che era stato allargato giace adesso sotto questo strato, mentre una terza abside, costruita molto al di sopra del pendio della collina, creò una nicchia monumentale nel lato occidentale della sala (completando la struttura a tre absidi della chiesa sud, visibile ancora oggi). Anche i sottostanti ambienti furono modificati e quello di essi che prima veniva usato come deposito fu completamente abbandonato. Nuovi muri e coperture a volta furono inseriti per sostenere l'ampliato primo piano. La pianta interna dell'edificio, se non anche il suo aspetto esterno, può essere stata simile a quella del tempietto del Clitunno. L'uso del primo piano come sala di ricevimento e la sua elegante decorazione, sono comparabili a quella del primo piano della sala d'ingresso dell'età carolingia dell'abbazia di Lorsch. Probabilmente, l'aula posta al piano superiore fu usata anche nel X secolo prima che il complesso venisse definitivamente abbandonato. Oggi, niente rimane del primo piano sontuosamente decorato con pannelli affrescati a finto marmo, ad eccezione di resti frammentari che crollarono nei sottostanti ambienti sotterranei.